Este estudo teve como objetivo analisar os fatores determinantes da eficiência dos gastos públicos em universidades federais no período de 2013 a 2017. Aplicou-se o método de pesquisa dividido em dois estágios, para uma amostra de 59 universidades federais. Para o primeiro estágio foi aplicada a Análise Envoltória de Dados (DEA) para mensurar a eficiência. No segundo estágio, aplicou-se um modelo de regressão truncada e um procedimento de duplo-bootstrap para correção de viés e teste da significância estatística das variáveis. Os resultados demonstram que as universidades federais que foram eficientes nos cinco períodos de análise foram: UNIFAP; UFAM e UFPA. Considerando o modelo de regressão truncada de Simar e Wilson (2007), as variáveis significativas que influenciam na eficiência dos gastos públicos em universidades federais foram o gasto público em educação superior, o número de professores, número de matrículas, número de concluintes, gastos totais com funcionários e número total de funcionários. Diante disso, o estudo contribuiu para a literatura científica por demonstrar que tais variáveis são determinantes na eficiência pública nas universidades federais.